정부와 국회의 일각에서 건강보험재정의 기금화 주장에 대한 논란이 일고 있습니다.
 건강보험은 1년 단기보험으로서 양출제입의 원칙에 의거 매년 보험료의 설계를 새롭게 하고 있습니다. 이는 보장범위의 탄력적인 적용과 재정의 효율적인 운용을 도모하기 위함입니다.
감사원은 2004년 5월 복지부와 공단에 대한 감사에서 개선사항으로 건강보험재정의 국가통합재정에 포함시킬 것을 요구 하였으며, 국회예산정책처, 기획예산처 등의 기관에서도 기금화의 필요성을 끊임없이 주장하고 있습니다.
 재정의 기금화는 국가재정운용계획에 의한 전략적 재원배분과 재정집행의 투명성 제고라는 긍정적인 측면의 이면에는 통제강화에 따른 보험자의 자율성과 보장성의 훼손이 있습니다.
기금의 운용계획상 우선순위에서 밀려남으로써 이해 당사자간의 갈등 유발은 물론 봉합을 위한 사회적 비용의 지출과 정치적 부담으로 남을 우려가 있습니다.
 건강보험은 보험재정의 단기성에 따른 여유자금이 없어 적립방식인 국민연금과 달리 기금화에 따른 실효성이 없습니다. 또한 기금화로 인한 예산의 경직성 때문에 보장성 강화의 걸림돌이 될 수 있습니다.
 따라서 건강보험의 발전을 위해서는 현 제도가 유지되어야 합니다. 다만, 통제 및 투명성의 재고를 위한 제도적 장치는 별도로 강구되어야 할 것입니다.